Después de cinco años de albergar sentimientos no expresados, el estudiante de secundaria Taiju Ooki finalmente está listo para confesar su amor a Yuzuriha Ogawa. Sin embargo, justo cuando Taiju comienza su confesión, una luz verde cegadora golpea la Tierra y petrifica a la humanidad en todo el mundo, convirtiendo a cada ser humano en piedra. Varios milenios después, Taiju despierta y descubre que el mundo moderno es completamente inexistente, ya que la naturaleza ha florecido en los años en que la humanidad estuvo quieta. Entre un mundo de piedra lleno de estatuas, Taiju se encuentra con otro ser humano vivo: su amigo Senkuu, amante de la ciencia, que ha estado activo durante unos meses. Taiju descubre que Senkuu ha desarrollado un gran plan: lanzar el renacimiento completo de la civilización con la ciencia. La fuerza muscular de Taiju y el cerebro de Senkuu se combinan para forjar una asociación formidable, y pronto descubren un método para revivir a los petrificados. Sin embargo, el plan maestro de Senkuu se ve amenazado cuando sus ideologías son desafiadas por aquellos que despiertan. Mientras tanto, se desconoce el motivo de la petrificación de la humanidad.

Dr. Stone adapta los capítulos 1-60 del manga.