En lo profundo de las montañas Ararat de Turquía, una organización secreta conocida como ARCAM ha encontrado lo que se cree que es el Arca de Noé. Sin embargo, el Cuerpo de Máquinas de EE. UU., una organización rebelde del Pentágono, quiere hacerse cargo del Arca como un medio de supremacía. Solo un agente especial de ARCAM conocido como Spriggan se interpone en su camino. El japonés Spriggan Yu Ominae se une al francés Spriggan Jean-Jacques Mondo para combatir a los miembros del Cuerpo de Máquinas de EE. UU. dirigido por el coronel MacDougall, un niño mejorado genéticamente con poderes psiónicos mortales. Sin embargo, deben actuar rápido y detener a MacDougall antes de que use el Arca para su propia agenda.