Con los mares bajo la constante amenaza de la "Flota Abisal" hostil, se establece una base naval especializada para contrarrestarlos. Sin embargo, en lugar del armamento naval estándar, la base está armada con "Kanmusu", chicas que albergan los espíritus de los buques de guerra japoneses, que poseen la capacidad de ponerse equipo armado que les permite aprovechar las poderosas almas que llevan dentro. Fubuki, un joven Kanmusu de tipo Destructor, se une a la base como nuevo recluta; desafortunadamente para ella, a pesar de su inexperiencia y naturaleza tímida, es asignada al famoso Tercer Escuadrón de Torpedos y rápidamente se ve envuelta en el fragor de la batalla. Cuando es rescatada de la casi aniquilación, el buque de guerra novato decide volverse tan fuerte como el que la salvó.